Polyproteïne: hoe één eiwitketen leidt tot vele functionele bouwstenen
Stel je een lopende band voor in een fabriek die niet losse onderdelen aflevert, maar één lange, aaneengesloten strook materiaal. Pas verderop in het proces knipt een machine die strook op de juiste plekken door, zodat er ineens allemaal losse, bruikbare onderdelen ontstaan: een wieltje hier, een schroef daar, een tandwiel verderop. Een polyproteïne werkt ongeveer zo. Het is één lange keten van aminozuren die een cel in één keer aanmaakt, en die pas daarna, op precies de juiste plekken, wordt doorgeknipt tot losse eiwitten die elk hun eigen taak hebben.
Deze truc wordt vooral gebruikt door virussen. Denk aan het knippen van een lang stokbrood in plakken: je bakt niet voor elke boterham apart een broodje, je maakt één groot brood en snijdt het achteraf op maat. Virussen met een klein genoom, zoals het poliovirus, hiv of het coronavirus SARS-CoV-2, gebruiken dit principe om met weinig genetisch materiaal toch tientallen verschillende eiwitten te maken. Dat inzicht in polyproteïnes bleek niet alleen wetenschappelijk interessant, het leidde ook rechtstreeks tot een hele generatie geneesmiddelen tegen hiv, hepatitis C en covid-19.
Wat is het precies?
Het uitgangspunt is de manier waarop cellen eiwitten maken. Genetische informatie in DNA of RNA wordt afgelezen door ribosomen, de eiwitfabriekjes van de cel, die aminozuren aan elkaar rijgen tot een keten. Normaal gesproken codeert een gen voor één eiwit. Bij veel virussen ligt dat anders: hun hele genoom, of een groot deel ervan, wordt in één ononderbroken leesraam vertaald tot één enorme aminozuurketen.
Die keten, de polyproteïne, is op zichzelf niet functioneel. Het is een soort ruwe grondstof. Om bruikbaar te worden moet hij worden opgeknipt door een protease, een enzym dat gespecialiseerd is in het doorknippen van eiwitketens op specifieke plekken. Sommige virussen coderen hun eigen protease binnen diezelfde polyproteïne, zodat het virus in feite zichzelf de schaar levert waarmee het zichzelf in stukken snijdt.
Na het knippen ontstaan losse eiwitten met uiteenlopende functies: enzymen die het virale erfelijk materiaal kopiëren, structuureiwitten die de buitenkant van het virusdeeltje vormen, en regulerende eiwitten die de gastheercel beïnvloeden. Bij hiv heet deze aanpak bijvoorbeeld de Gag-Pol-polyproteïne, bij coronavirussen spreekt men van ORF1a en ORF1ab. De timing en volgorde van het knippen is nauwkeurig gereguleerd: te vroeg of te laat knippen verstoort de vorming van nieuwe virusdeeltjes.
Wat wil men ermee bereiken?
Voor virologen is het ontrafelen van polyproteïnes in de eerste plaats fundamenteel onderzoek: begrijpen hoe een virus zich vermenigvuldigt, is de basis voor elke vorm van behandeling of preventie. Omdat de protease die het polyproteïne knipt een onmisbare stap is in de levenscyclus van het virus, is dat enzym een aantrekkelijk doelwit voor medicijnen. Blokkeer de protease, en het polyproteïne blijft één ongeknipte, niet-functionele klomp. Er ontstaan dan geen nieuwe, besmettelijke virusdeeltjes meer.
Daarnaast is het polyproteïne-principe zelf een handig stuk gereedschap geworden binnen de synthetische biologie, het vakgebied dat biologische systemen naar eigen ontwerp bouwt. Onderzoekers willen vaak meerdere eiwitten tegelijk in een cel produceren, bijvoorbeeld een therapeutisch eiwit én een markereiwit, vanaf één stuk DNA. Door een kunstmatig polyproteïne te ontwerpen met een klein, zelfknippend stukje ertussen, kunnen ze dat voor elkaar krijgen zonder voor elk eiwit een apart genetisch construct nodig te hebben.
Voorbeelden uit de praktijk
Het duidelijkst zichtbaar is het polyproteïne-principe geworden via geneesmiddelen die de bijbehorende protease blokkeren.
- Hiv-protease-remmers (jaren negentig): middelen als saquinavir en ritonavir blokkeren de hiv-protease die de Gag-Pol-polyproteïne knipt. Ze vormden samen met andere middelen de basis van de combinatietherapie die aids sinds midden jaren negentig van een vrijwel zeker dodelijke ziekte veranderde in een chronisch behandelbare aandoening.
- Mavyret tegen hepatitis C (goedgekeurd 2017): dit middel van AbbVie combineert glecaprevir, een remmer van de virale NS3/4A-protease, met een tweede werkzame stof. Eerdere generaties protease-remmers tegen hepatitis C, zoals boceprevir en telaprevir, kwamen rond 2011 op de markt en waren de eerste die specifiek op deze knipstap ingrepen.
- Paxlovid tegen SARS-CoV-2 (2021-2022): het middel van Pfizer bevat nirmatrelvir, dat de zogeheten hoofdprotease (Mpro, ook wel 3CLpro) van het coronavirus blokkeert. Die protease knipt de ORF1a/ORF1ab-polyproteïne van SARS-CoV-2 in de eiwitten die het virus nodig heeft om zich te vermenigvuldigen.
- 2A-peptiden in CAR-T-celtherapie: bij deze vorm van kankerbehandeling worden afweercellen van de patiënt genetisch aangepast. Onderzoekers gebruiken vaak een kort, zelfsplitsend stukje eiwit, afkomstig uit het mond-en-klauwzeervirus (het zogeheten 2A-peptide), om twee of meer eiwitten vanaf één genetisch construct te laten produceren die zich na aanmaak automatisch van elkaar losmaken.
- Fluorescente reportereiwitten in laboratoria: in fundamenteel onderzoek gebruiken labs kunstmatige polyproteïne-constructen met 2A-peptiden om een eiwit van interesse en een fluorescerend merkereiwit, zoals GFP, tegelijk in een cel tot expressie te brengen, zodat ze onder de microscoop kunnen zien welke cellen het construct hebben opgenomen.
Hoe ver is de techniek?
Het basisprincipe is allesbehalve nieuw. Al in de jaren zeventig en tachtig van de vorige eeuw ontdekten onderzoekers, onder anderen bij het poliovirus, dat virale eiwitten via een grote voorlopermolecuul ontstaan die vervolgens wordt geknipt. Dat maakt polyproteïnes tot een van de langer bekende en goed begrepen mechanismen in de virologie.
Het ontwikkelen van geneesmiddelen die specifiek een virale protease blokkeren, is inmiddels een volwassen tak van de farmacologie, met tientallen goedgekeurde middelen wereldwijd. Toch is het geen afgesloten hoofdstuk: virussen muteren, en mutaties in het gen voor de protease kunnen ervoor zorgen dat een geneesmiddel minder goed bindt. Resistentie tegen protease-remmers is bij hiv en hepatitis C een bekend en goed gedocumenteerd probleem, en vraagt om voortdurende ontwikkeling van nieuwe of aangepaste middelen.
Het gebruik van kunstmatige polyproteïnes in synthetische biologie is een jonger en nog volop groeiend toepassingsgebied. De basistechniek met 2A-peptiden is sinds de jaren negentig en tweeduizend redelijk gestandaardiseerd, maar de precieze efficiëntie van het knippen verschilt per celtype en per constructie, en onderzoekers optimaliseren nog steeds welke volgorde en welke variant van het peptide de beste resultaten geeft.
Wie werken eraan?
Op het gebied van geneesmiddelen die virale proteases blokkeren, zijn grote farmaceutische bedrijven zoals Pfizer, Merck, Gilead Sciences en AbbVie toonaangevend, elk met eigen goedgekeurde middelen tegen hiv, hepatitis C of SARS-CoV-2. Tijdens de coronapandemie leverden structuurbiologen wereldwijd, met opvallend snelle bijdragen van onderzoeksgroepen in China, al begin 2020 de eerste driedimensionale structuren van de hoofdprotease van SARS-CoV-2, informatie die vervolgens gebruikt werd om remmers zoals nirmatrelvir te ontwerpen.
Op het fundamentele vlak houden universitaire onderzoeksgroepen en instituten voor structurele biologie en virologie zich bezig met het in kaart brengen van polyproteïnes en hun knipplekken bij uiteenlopende virussen, vaak met steun van nationale gezondheidsinstituten zoals het Amerikaamse National Institutes of Health. Op het terrein van synthetische biologie en gentherapie zijn het vooral academische laboratoria en biotechbedrijven die actief zijn in celtherapie, waaronder ontwikkelaars van CAR-T-behandelingen, die polyproteïne-constructen met 2A-peptiden toepassen in hun productieprocessen.
Verder lezen
- UniProt, database met eiwitstructuren en -annotaties, inclusief virale polyproteïnes
- NCBI, Amerikaans instituut voor biotechnologische informatie met achtergrondliteratuur over virale genexpressie
- Nature, wetenschappelijk tijdschrift met onderzoeksartikelen over polyproteïnes en proteases
- Europees Geneesmiddelenbureau (EMA), met officiële informatie over goedgekeurde protease-remmers
- Addgene, non-profit plasmidenbank met praktische uitleg over 2A-peptiden in onderzoek