Mismatch repair: het interne spellingcontrole-systeem van de cel
Elke keer dat een cel deelt, moet ze haar volledige DNA kopiƫren: zo'n drie miljard letters bij de mens. Dat kopieerproces gaat razendsnel, maar niet foutloos. Gemiddeld wordt er ergens per miljoen letters een verkeerde letter ingebouwd, een zogeheten mismatch: twee DNA-bouwstenen die niet goed tegenover elkaar passen. Mismatch repair (letterlijk: reparatie van niet-passende paren) is het systeem van eiwitten dat die typefouten opspoort en herstelt voordat ze permanent worden.
Vergelijk het met de spellingcontrole in een tekstverwerker. Terwijl je typt, scant het programma voortdurend de tekst, herkent afwijkende woorden en corrigeert ze automatisch. Mismatch repair doet iets vergelijkbaars met vers gekopieerd DNA: het scant de nieuwe streng, herkent plekken waar de twee DNA-strengen niet perfect op elkaar passen, en knipt het foute stukje eruit om het opnieuw te laten schrijven. Zonder dit systeem zou het aantal mutaties in ons genoom honderden keren hoger liggen, met alle gevolgen van dien voor veroudering en kanker.
Wat is het precies?
Mismatch repair draait om een handvol gespecialiseerde eiwitten die in vrijwel elk levend wezen voorkomen, van bacteriƫn tot mensen. Het proces verloopt in een paar stappen.
Eerst is er herkenning. Een eiwitcomplex dat bij bacteriƫn MutS heet en bij mensen MSH2 en MSH6 (of soms MSH2 en MSH3), glijdt over het nieuwgevormde DNA en voelt letterlijk een kleine bobbel of vervorming in de dubbele helix wanneer twee letters niet goed paren.
Daarna volgt de aanmelding van het probleem. Een tweede eiwitcomplex, MutL bij bacteriƫn en MLH1 samen met PMS2 bij mensen, sluit aan bij het eerste complex en markeert de plek als reparatiewaardig.
Vervolgens moet de cel een lastig probleem oplossen: welke van de twee strengen bevat de fout? Het originele sjabloon is immers correct, alleen de nieuwe kopie kan de vergissing bevatten. Bacteriƫn lossen dit slim op via methylering, een chemisch vlaggetje dat pas na enige tijd op de nieuwe streng wordt aangebracht, waardoor de oude streng tijdelijk herkenbaar blijft als de betrouwbare versie. Bij mensen gebruikt de cel andere signalen, zoals openstaande insnijdingen die nog aanwezig zijn in vers gekopieerd DNA.
Ten slotte knipt de celmachinerie het foutieve stuk van de nieuwe streng weg, waarna een DNA-polymerase-enzym het gat opnieuw invult volgens het correcte sjabloon, en een ligase-enzym de streng weer aan elkaar plakt. Het resultaat: een DNA-molecuul zonder de oorspronkelijke fout.
Wat wil men ermee bereiken?
Van nature bestaat mismatch repair simpelweg om het genoom stabiel te houden. Cellen met een goed werkend systeem maken tot wel duizend keer minder blijvende mutaties dan cellen zonder. Dat is de reden waarom dit mechanisme al miljarden jaren evolutionair behouden is gebleven.
In de geneeskunde is er een tweede, heel praktisch belang ontstaan. Mensen die door een erfelijke afwijking een van de reparatie-eiwitten missen, hebben een sterk verhoogd risico op bepaalde kankers, met name darm- en baarmoederkanker. Artsen gebruiken de status van mismatch repair daarom als diagnostisch hulpmiddel: is het systeem in een tumor uitgeschakeld, dan reageert die tumor vaak opvallend goed op immunotherapie, ongeacht in welk orgaan hij zit.
Recenter is er een derde, meer technologisch doel bijgekomen. Bij precieze DNA-bewerking met technieken als prime editing, een geavanceerde vorm van gentherapie die letters in het DNA kan herschrijven zonder de dubbele helix volledig te breken, blijkt mismatch repair juist een spelbreker: het systeem herkent de kunstmatig aangebrachte verandering als een fout en herstelt die terug naar de oorspronkelijke, ongewenste versie. Onderzoekers proberen daarom manieren te vinden om het systeem tijdelijk en gecontroleerd te temperen, precies op het moment van editen, om de effectiviteit van gentherapieƫn te vergroten.
Voorbeelden uit de praktijk
Le et al., 2015 (New England Journal of Medicine): een baanbrekende klinische studie liet zien dat patiƫnten met mismatch-repair-deficiƫnte tumoren opvallend goed reageerden op PD-1-remmers, een vorm van immunotherapie die het afweersysteem loslaat op kankercellen. Deze bevinding legde de basis voor een heel nieuw behandelconcept.
Goedkeuring van pembrolizumab (Keytruda) door de Amerikaanse FDA, 2017: op basis van dat onderzoek keurde de FDA het middel goed voor alle solide tumoren met microsatellietinstabiliteit of mismatch-repair-deficiƫntie, ongeacht waar in het lichaam de tumor zit. Dit was de eerste keer dat een kankermedicijn werd goedgekeurd op basis van een moleculair kenmerk in plaats van het orgaan van herkomst.
Ontdekking van het MSH2-gen en Lynch-syndroom, begin jaren negentig: onderzoeksgroepen rond onder anderen Bert Vogelstein, Richard Kolodner en Albert de la Chapelle koppelden mutaties in mismatch-repair-genen aan erfelijke darmkanker zonder poliepen, beter bekend als Lynch-syndroom. Deze ontdekking ligt aan de basis van de erfelijkheidstests die tegenwoordig in de kliniek gebruikt worden.
Verbeterde prime editing-systemen, David Liu-lab (Broad Institute), 2021: onderzoekers publiceerden een methode waarbij een kunstmatig, niet-functioneel MLH1-eiwit (MLH1dn genoemd) tijdelijk wordt meegeleverd met de editing-machinerie. Dit onderdrukt lokaal de mismatch repair, waardoor de gewenste DNA-verandering blijft staan in plaats van teruggedraaid te worden. De efficiƫntie van prime editing ging hierdoor in veel gevallen fors omhoog.
Prime Medicine: dit Amerikaanse biotechbedrijf, opgericht door onder meer onderzoekers uit het David Liu-lab, bouwt therapieƫn op basis van prime editing en past strategieƫn toe om mismatch repair te omzeilen. Het bedrijf ging in 2022 naar de beurs en test intussen eigen behandelingen, waaronder een programma gericht op chronische granulomateuze ziekte, een zeldzame erfelijke afweerstoornis, in vroege klinische studies.
Hoe ver is de techniek?
Het basismechanisme van mismatch repair is wetenschappelijk goed uitgezocht. Paul Modrich kreeg hiervoor in 2015 samen met Tomas Lindahl en Aziz Sancar de Nobelprijs voor de Scheikunde, voor hun werk aan de moleculaire mechanismen van DNA-reparatie in het algemeen.
Op het gebied van diagnostiek en behandeling is de techniek volwassen: het testen van tumoren op mismatch-repair-status is inmiddels routine bij onder meer darm- en baarmoederkanker, en de bijbehorende immunotherapieƫn worden wereldwijd toegepast. Wel is het belangrijk te melden dat dit slechts een deel van alle tumoren betreft: naar schatting is ongeveer 15 procent van de colorectale kankers mismatch-repair-deficiƫnt, bij baarmoederkanker ligt dat percentage hoger.
Op het gebied van gentherapie en precisie-editing staat de toepassing van mismatch-repair-onderdrukking nog in een vroeg stadium. De methode werkt overtuigend in laboratoriumcellen en verhoogt daar de editing-efficiƫntie merkbaar, maar de stap naar veilige, grootschalige toepassing bij patiƫnten is nog volop in ontwikkeling. Een belangrijk aandachtspunt is dat het tijdelijk uitschakelen van een DNA-reparatiesysteem in principe ook onbedoelde mutaties elders in het genoom in de hand zou kunnen werken; onderzoekers proberen dit risico te beperken door de onderdrukking zo kortdurend en lokaal mogelijk te houden, maar goed onderbouwde langetermijngegevens bij mensen zijn nog schaars.
Wie werken eraan?
Het fundamentele onderzoek naar mismatch repair is historisch sterk verbonden met Amerikaanse universiteiten, waaronder Duke University, waar Paul Modrich werkte, en Johns Hopkins University, waar Bert Vogelstein en collega's veel van het kankergerelateerde onderzoek deden.
Op het gebied van prime editing en gentherapie is het Broad Institute in Cambridge, Massachusetts, een centrale speler, met name via het laboratorium van David Liu. Vanuit dat onderzoek is het bedrijf Prime Medicine ontstaan, dat de technologie verder naar de kliniek probeert te brengen. Ook Beam Therapeutics, eveneens voortgekomen uit onderzoek rond precisie-DNA-editing, werkt aan verwante technieken.
Op het gebied van kankerimmunotherapie is farmaceut Merck, producent van pembrolizumab, een belangrijke commerciƫle partij, naast onderzoekscentra zoals Memorial Sloan Kettering Cancer Center die klinisch onderzoek naar mismatch-repair-deficiƫnte tumoren hebben aangejaagd. Diagnostische bedrijven zoals Foundation Medicine en sequencingbedrijven zoals Illumina leveren de testen waarmee de mismatch-repair-status van tumoren in de praktijk wordt vastgesteld.
Verder lezen
- Nobelprize.org, achtergrond over de Nobelprijs Scheikunde 2015 voor DNA-reparatie
- The New England Journal of Medicine
- National Cancer Institute (VS), informatie over mismatch repair en kanker
- Broad Institute, onderzoek naar prime editing en genoombewerking
- Prime Medicine, ontwikkelaar van prime editing-therapieƫn